SigmaPlot是一個專業的科研繪圖軟件，Science、Nature中大部分圖表都是出自 SigmaPlot之手。如果你沒有使用過 SigmaPlot，那么開始使用的時候會遇到許多問題。甚至不知道里面的 XY pair， single Y 等等之類是什么意思。
今天就來以一個最基本的柱狀圖為例來說明它的使用，我們認為對于圖表繪制，最大的難點在于數據在表格中的排列格式。如果你搞清了各種數據在表格中按照怎樣的格式輸入，那么你就能做出各種各樣的圖表。
首先我們來看看下面這個帶標準差值的柱狀圖（圖一）。我們假設這個圖表是要描述某個指標在腫瘤組和正常組的若干個病人中的表達情況。兩組的指標的均值我們已經計算出來，標準差也計算出來了。我們看看圖表中的數據輸入格式，并對照最終生成的圖表。
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非常明顯，第一根柱子對應表格中的第一行。第二根柱子對應第二行，每一行的第三列，分別填上相應組別標準差的值。對于使用此軟件次數很少的人來說， 應該先掌握這種簡單的數據輸入格式。標準差、均值等可以先通過另外的軟件計算出來后填入，然后作圖。
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或許你不屑一顧的認為這種圖 Excel 也可以做啊。是的，這種圖 Excel 是可以做，但是初學者先從簡單的數據排列簡單的圖表練習起來，隨著我們的之后講解的深入，那些圖表，Excel 就不一定好做了，或者做起來很復雜。
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假設你已經安裝好了 SigmaPlot，我這里使用的是 SigmaPlot 11.0?版本。先打開軟件，出現的向導頁面點擊取消，然后出現的是圖二的畫面。
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點擊工具欄中的新建圖標，新建一個所謂的 Notebook。（之后的表格、圖表等都將會自動放置在這個Notebook里面）
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然后就出現圖三的界面，出現了一個空白的表格。會用 Excel 的人都知道如何往里面輸入數據的。只需要單擊相應的單元格選中，就可以依次輸入數據了。對照圖四的數據排列結構輸入數據吧。
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第一行表示第一根柱子的數值，第二行表示第二根柱子的數值。第一列表示組別（X 值），第二列表示每組的指標的數值（Y 值），對于柱子的高度，第三列表示每組數值的標準差（對應柱子上的誤差線）。
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如果你數據輸入完成了?，接下來就是重點了，我們來根據這個數據表制作柱狀圖。
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首先我們在列的頂端點擊鼠標拖動選中這三列，如圖五。
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然后選擇左邊豎柱狀圖表圖標，并在出現的子圖表類型中選擇如圖六所示的帶誤差線的柱狀圖圖表類型。
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如圖七跳出的窗口中，確保symbol values下面選中是 worksheet columns（一般默認的就是選中的這個），表示接下來的繪圖通過表格的列中的數據直接完成，接下來點擊下一步。
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接下來出現圖八的界面，這個界面是很多人迷糊的地方。
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XY Pair 表示表格中給出了 X 值和 Y 值。比如我們就給出了橫坐標分“腫瘤組”和“正常組”，縱坐標就是 Y 值，表示柱子的高度，這里表示腫瘤組和正常組某個指標的數值。后面的標準差只是附帶的寫在 Y 值的后面一列。Single Y 表示表格中只給出 Y 的值。但是顯然繪圖都必須要有 x 值，這種情況下 x 值軟件會自動用前面的序號代替，比如圖九。注意觀察它數據表中的排列。圖九在作圖的時候就選擇 Single Y。這里我們是選擇 XY Pair 的，然后點擊下一步。
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出現的圖十的窗口已經自動將 X 值、Bar 值（柱子高度 Y）以及誤差線的高度（sd 值）和數據表中的列一一對應了起來。
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注意，如果作圖前先選擇要作圖的三列的話，到這一步就需要手動設立對應關系的。我們這里不再需要，只需要點擊“完成”。
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如圖十一，初步的圖表就完成了。注意看圖中的圖表和表格數值的一一對應關系，知道了這些你就可以方便的自己應用。
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上面是最核心的內容，當然這張圖片還非常不美觀。以及圖表標題、圖例等各種信息都需要修改。修改比較簡單，實際上你只需要在你需要修改的內容上雙擊鼠標就可以修改相關內容的格式和內容了。
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好啦，接下來我們看看如果導出這張圖片以便應用到幻燈片或者論文中去吧。因為如果你是一個初學者，你需要看到一個從打開，到建立，到導出，到保存這樣一個完整的過程。
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如圖十二，你可以確保你選中的是這張圖表的所在的窗口。然后點擊“file”（文件）菜單中的“export”（導出），然后選擇子菜單中的 export file（導出文件）。
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再彈出的保存窗口中選擇一種你想保存的圖片格式（圖十三），如果只是使用在幻燈片中，那么保存 jpg 格式就可以了。
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如果要發表論文，那么你可以選擇 tif 格式，tif 格式文件比較大，由于圖表多是黑白以及顏色種類不多的圖片，你可以選擇“TIFF RGB Compressed（壓縮的 RGB 色彩模式的 tiff 格式）這個保存格式。
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如果你對軟件比較在行，可以導出成 eps 格式或者pdf 格式然后在 illustrator 等軟件內做進一步的美化修剪處理。
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點擊下一步之后，出現導出設置窗口（圖十四）。默認的導出大小是以 A4 紙張大小導出的，你可以保持不動，也可以進行修改。
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下面的 dpi（每英寸點數）數值越大導出的圖片越大。如果保持上面的 A4 紙張大小，這里的 dpi 設置 400-600?就可以滿足最終打印線圖 1000dpi 的需求。（當然啦，如果是發表論文， 最終圖片是需要經過 photoshop 等軟件修剪整理的）。
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最下面的 color depth（顏色的位數），為了讓你打開 photoshop 修改圖片的時候一切順利，就選擇 24 位吧。
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如圖十五，是我修改了柱形圖中柱子的填充后導出的，100%顯示，非常清晰。可以將圖片用 photoshop進行進一步的裁剪，以及和其他圖片圖表拼接在一起組成一張圖。
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最后你可以選擇 file-save 戒 save as 將這個 notebook 保存，以便今后繼續使用現在的表格和圖表，如圖十六。
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最后你可以選擇 file-save 戒 save as 將這個 notebook 保存，以便今后繼續使用現在的表格和圖表，如圖十七。
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好了，今天的講解就到這里結束。希望大家明白繪制圖表的時候數據的排列是很重要的。另外希望大家懂得 XY Pair 和 Single Y 是什么意思，SigmaPlot 是怎么用之作圖的。
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