(內容來源:武漢理工理院研究生會、“張老濕科研作圖 ”)
有幾百個顆粒,如何快速統計分析所有顆粒的粒徑?
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用Image J的話需要每個顆粒都去劃線測量,比較麻煩,最近看到使用Image pro plus可以搞定。
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Image pro plus(IPP)的主要用途是分析處理圖像,它包含了異常豐富的增強和測量工具, 并允許用戶自行編寫針對特定應用的宏和插件。本人使用該程序進行材料方面的圖象分析有一段時間了,使用得越久與發現這款軟件的強大,簡直是科研界的PS神器!希望在這里與大家交流使用心得,下面我將簡單分享一下用IPP統計分析粒徑的操作方法。
1. 打開軟件
選擇complete模式,打開一個電鏡圖片↓
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2. 設置標尺
點擊Measure-Calibration-Set System,如下圖↓
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彈出如下圖所示的對話框↓
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?這里,我們可以對預先設置好的標尺直接調用(如Spatial Cal 0),也可以對一張新的圖進行重新設置,因此,我們需要點擊紅框中的“…”按鈕,會彈出一個設置對話框↓
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↑如上面左邊圖中,點擊new,新建一個標尺。首先設置好單位Unit為nm,然后點擊紅框內的Image按鈕,出現Scaling對話框,輸入標尺長度數值(20)↓
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這個時候注意到圖片中出現了一個綠色“工”字形圖標,我們現在需要用鼠標拖動調整它的長度和圖中的原始標尺長度一致(均為20nm),如下圖↓
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↑然后點擊OK,回到剛才的spatial calibration對話框,點擊Apply按鈕,也就是確認將我們剛才設置好的標尺應用到這幅圖以后的測量統計程序中去。如果需要將標尺保留在圖片中,我們可以點擊Mark按鈕,彈出Spatial Calibration Marker對話框↓
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對話框中有四種標尺模式,可選擇標尺在不在圖中顯示(On-Image or Non-destructive),不在圖中顯示更好,因為在計算粒徑時候,軟件會把標尺上的字也當微粒算進去,輸入標尺所代表的長度值(20)unit,點擊“OK”按鈕,出現如下對話框↓
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這時圖片出現了新標尺,此時可用鼠標左鍵移動新標尺到你想要的圖片位置,按右鍵固定,按“continue”鍵,回到spatial calibration對話框。
3. 計算粒徑
點擊工具欄中的Measure-Count/Size↓
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彈出如下對話框↓
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有三種計算方式:Manual、Automatic Bright Objects、Automatic Dark Objects,選擇其中一種,點擊Count按鈕。點擊其工具欄中Measure下拉的Select Measurements,出來如下對話框↓
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這里我們選擇平均直徑Diameter(mean)為統計對象,選中,在下面Range中輸入合理的范圍,從而篩選出大小異常的顆粒。也可以通過點擊Edit Range按鈕,出現如下對話框↓
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我們可以看到初步選擇出來的統計結果,如果有異常大或者小的值,可以很直觀的看到,這時我們可以手動調節兩條綠色的豎線,來選擇統計的范圍,點擊OK。回到上一對話框后,記住要勾選Apply Filter Ranges按鈕↓
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下面再來介紹一下自動測量(Automatic Dark/Bright Objects)和手動測量(Manual)的區別:
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(a) 自動測量
自動顧名思義就是軟件自己根據圖片顏色對比度區分顆粒區域,勾選Automatic Dark Objects后,點擊Count,我們的顆粒就會被默認的紅色標記出來了↓
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需要注意的是,即使是自動的,我們還是需要進行一定的設置,注意到剛才的對話框里右側有一個Option按鈕,點擊出現如下對話框↓
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↑因為我們的顆粒是實心小球,所以Outline Style需要選擇“Filled”,并且需要勾選上“Fill Holes”。這樣才能保證軟件標記出的顆粒大小和形狀誤差更小。
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(b) 手動測量
點擊Select Colors按鈕↓
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↑進入Segmentation對話框,在Histogram Based中調節圖中豎線,到你覺得滿意的位置。最后,得到如下圖所示的樣子↓
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然后,點擊Create Preview Image按鈕,得到一張新圖片。關閉Segmentation對話框,回到Count/Size對話框,點擊Count按鈕,計算完畢↓
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這里需要解釋一下重新復制一張圖片的作用,相信細心的小伙伴們可能已經注意到了,在統計顆粒的時候軟件會把圖中的標尺和文字也算進去,這樣肯定會是結果產生偏差,因此我們要想辦法去除掉標尺再統計。
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但是,一直讓小編不解的是IPP中似乎并沒有剪裁圖片的功能,所以我們需要復制一張照片然后導出,用其他軟件(如windows自帶的畫圖工具)進行剪裁把標尺部分去除,再導入IPP中進行統計工作。這個過程中,只需要關閉圖片的框而整個軟件不能關閉,然后采用第二步設定好的標尺測量就行了。
4. 分割連體顆粒
無論是手動還是自動,Count完了之后,我們會發現,有一些顆粒因為各種原因連接在了一起,這樣在統計的時候軟件會把它們當作一個完整顆粒,對結果造成誤差,所以,我們還需要將這些“連體嬰兒”分離。方法很簡單,點擊Edit-Split Objects按鈕↓
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然后在圖中用鼠標劃線分割連體顆粒↓
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點擊OK確認,得到分割后的顆粒分布。
5. 查看統計結果
在Count/Size對話框中View下拉菜單,各種選擇可以對計算的粒徑進行統計↓
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如下圖所示,在Measurement Data里可以查看每個顆粒的信息和位置;在Statistics里可以查看整體的統計數據;Histogram可以查看柱狀分布圖,可以自由調節bin的大小;還可以再Scattergram里查看散點分布↓
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至此,對這張透射照片中顆粒分布的統計工作就基本結束了,如果不滿意IPP軟件的數據作圖效果,還可以在Count/Size對話框中File下拉菜單中選擇導出數據結果,然后再用Origin等專業軟件重新作圖。
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