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被催了億次的組分間的氫鍵統計腳本!數量、鍵長、鍵角隨時間變化、PDF都包含,手把手教你怎么用!

在MS計算中,氫鍵分析絕對稱得上是各大領域的頂流,在對玻璃、金屬氧化物、礦物表面、石墨烯、磷脂雙層等體系的潤濕性疏水性、摩擦系數的研究都有其用武之地。
不久之前,楊老師寫過一個氫鍵統計①號腳本,受到了學員們的廣泛應用,它大大減少了我們在分子動力學計算中的重復性工作。畢竟,分子動力學軌跡動輒就是10000幀,每一幀都包含10-1000根氫鍵。
然而,在學員們的實際應用中,楊老師也發現,如果只統計所有分子間信息的話,就失去了細節。視頻評論區有很多小虎斑反饋,更想分析片段和片段、組分和組分間的氫鍵結合信息
對此,楊老師只想說,你們盡管照搬,2.0版本的氫鍵腳本馬上安排,還完全免費!
所以氫鍵腳本②號已經新鮮出爐了,功能更加強大(見下方),來滿足大家進一步的需求!

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氫鍵②號腳本:
  • 不但能給出氫鍵的數量,還能給出其隨時間的變化!
  • 不但能統計所有氫鍵的鍵長、鍵角,還能給出它們在每一個長度區間、角度區間的分布,直接畫出圖來,做進一步的分析!
  • 但能通過受主元素(如O、N、F)對氫鍵進行分類討論,而且能區分片段內部(intra-set)與片段間(inter-sets)的氫鍵,還可以處理多個片段、組分的結構!

本期特訓內容包括:

氫鍵判據(長度、角度)與潤濕性
? 氣固、固液界面、液體、聚合物、煤分子建模與分子動力學模擬
? 上述體系的氫鍵數量隨時間的演化
? 上述體系各組分平均長度隨時間的演化
————————-二、三區分割線—————————-
? 組分鍵長度、角度的Probability Distribution Function
? PMF (Potential of Mean Force)與Free energy landscape與PDF的聯系
主辦單位:深圳華算科技有限公司
課程形式:12月5日直播、完全免費提供回放!
課程目標:MS腳本實現各類組分間的氫鍵數量、長度、角度隨時間演化與PDF分布統計!
上課方式:添加下方助教微信,入群聽課!獲取直播鏈接、往期視頻、課件、答疑等!
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 課程圖片

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固液界面分子動力學
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聚合物-水界面

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磷脂雙層
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氫鍵鍵長、鍵角定義

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氫鍵數量隨MD時間的演化

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氫鍵PDF、壽命
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鍵長、鍵角Probability Distribution Function

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氫鍵PDF、PMF與自由能

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自由能與氫鍵鍵長、鍵角的聯合分布

 MS腳本特訓營課程內容

MS特訓營,共講解21款腳本,15小時課程!
純干貨,快上車!??????

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