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工欲善其事，必先利其器，計算化學/分子模擬免費在線數據庫和工具對于科研工作者來說是提升效率的利器，這類網站中的內容往往也是很有意義的。本文我們整理出了一些不錯的在線數據庫及工具，其中，前面有 “?*?”?的代表比較重要。很多在線工具需要java運行環境。如果有其它好的免費的化學相關的在線的庫或工具歡迎留言補充。

在線信息數據庫部分

* SDBS光譜數據庫

鏈接：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

簡介：很好的有機化合物光譜數據庫，包含六類光譜：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3萬余個化合物，其中以商業化學試劑為主，約2/3是6碳至16碳的化合物。數據大部分是其自行測定的，并不斷添加。可以通過化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注冊號、元素組成、光譜峰值位置/強度方式搜索。

* 計算化學比較和基準數據庫(CCCBDB)：

鏈接：http://cccbdb.nist.gov

簡介：此數據庫包括各種量子化學方法、各種基組下對不同分子的各種屬性的計算結果，也包含實驗數據。可用來對比不同方法計算結果優劣，此數據庫內容在不斷增加。

*?量化頻率計算校正因子

鏈接：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp

簡介：實際上就是CCCBDB的一個子頁面，比較重要故單獨列出。

*??NIST化學數據庫

鏈接：http://webbook.nist.gov/chemistry

簡介：是美國國家標準與技術研究院NIST的基于Web的物性數據庫。輸入分子查找條件，可獲得分子量、CAS登記號、各種熱力學數據、譜圖等信息，部分分子包含3D結構。

*??上海有機所化學專業數據庫

鏈接：http://202.127.145.134/scdb/default.htm

簡介：十分有用的數據庫，免費注冊。可獲得分子的紅外、質譜譜圖、結構、物化性質、毒性、生物活性以及相關反應等。還包括中英互譯、藥品名稱檢索等功能。

*?EMSL基組數據庫

鏈接：https://bse.pnl.gov/bse/portal

Uppsala Electron Density Server

鏈接：http://eds.bmc.uu.se/eds

簡介：用于評價蛋白質數據庫中晶體結構電子密度。輸入pdb ID（比如1cbs）進入后可以對各種內容做圖。點擊EDS Summary下面的Go按鈕可以自動啟動基于java的電子密度圖可視化程序觀看電子密度圖，注意不要開啟瀏覽器的彈出窗口過濾。

ChemBioFinder

鏈接：

http://www.cambridgesoft.com/support/ProductHomePage.aspx?KBCatID=119

簡介：根據分子質量、名稱或者自行繪制結構，從幾十萬分子中搜索，得到二維結構、Smiles、InCHI字符串、分子量等簡單信息。

基本物理常數數據庫

鏈接：

http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

簡介：可以查到精確的計算化學中涉及的物理常數及換算關系，如hartree->eV

Clarkson大學相對論有效勢數據庫

鏈接：http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html

生物核磁共振數據庫

鏈接：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit

CRYSTAL程序基組數據庫

鏈接：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html

含重原子全電子STO基組數據庫

鏈接：http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html

結構數據庫部分

* NDB核酸數據庫

鏈接：http://ndbserver.rutgers.edu

簡介：根據NDB ID，獲得核酸坐標文件、出處等信息，類似RCSB蛋白質數據庫。

* RCSB PDB數據庫

鏈接：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

*?PubChem

鏈接：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

簡介：NCBI下屬的小分子數據庫，包括化合物、物質、生物活性三大數據庫，含上千萬條目并不斷增加。可通過分子結構、名稱、分子式、分子量、 XLogP、氫鍵信息方式查詢。可以得到分子的簡介、化學結構、XLogP（自動計算）、同義詞、生物活性、毒性、藥理學信息及分類、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些結構還有3D SDF結構文件，進入條目后可在頁面最下面點SDF按鈕保存，可被一些軟件直接讀取，如ChemBio3D。是一個很有用的獲得小分子三維結構的方法。

GLYCAM寡糖數據庫

鏈接：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp

PDBbind-CN

鏈接：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp

簡介：收集了pdb數據庫中的生物分子復合物。給出受體、配體名稱、親和性、序列等信息，可在線觀看或下載結構，可根據配體名稱、結構搜索含有此配體的復合物。

sc-PDB

鏈接：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB

簡介：收集了PDB數據庫中含有可以為藥物結合的位點的蛋白。可根據配體、蛋白、結合方式為特征進行搜索。

SuperNature天然產物數據庫

鏈接：http://bioinformatics.charite.de/supernatural

簡介：幾萬種天然產物數據庫，可通過名稱、結構、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以繪制結構或根據結構模版搜索，可在線觀看結構，并獲得凈電荷、偶極矩、手形中心數目、可旋轉鍵數目、氫鍵受/配體等信息。

HPDB蛋白質數據庫

鏈接：http://hpdb.hbu.edu.cn

簡介：河北大學的蛋白質數據庫，可通過此庫間接下載到RCSB蛋白質數據庫的文件。有中文PDB文件格式的介紹，比較有用，還有另外一介紹蛋白質的些文章。

蛋白質結構分類數據庫(SCOP)

鏈接：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

簡介：和CATH的功能類似，包含幾萬個蛋白質結構。但是是人工對每個蛋白結構進行分類，比CATH的分類更為合理。結構分類基于四個層次：class、fold、superfamily、family。

蛋白質分類數據庫(CATH)

鏈接：http://www.cathdb.info

簡介：其中結構來自PDB數據庫，半自動地對每個結構根據二級結構、形狀、拓撲、同源性進行了分類，可以根據這些特點進行分類查詢。

在線工具部分

?03

* E-Babel

鏈接：http://www.vcclab.org/lab/babel

簡介：相當于在線版的Babel，可以支持幾十種結構文件格式的轉換。注意不要打開瀏覽器彈出窗口過濾功能。

* OpalDashboard

鏈接：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do

簡介：一大批軟件的在線計算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創建pdbqt、GPF文件），Autogrid（計算autodock所需的格點文件），Autodock（分子對接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。

*?PLATINUM

鏈接：

http://model.nmr.ru/platinum

簡介：此程序基于分子疏水勢的概念。上傳受體/配體結構文件后計算，會顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢格點文件可保存也可以在線自動調用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質，可以直觀了解受、配體不同方式的的結合能力。對于脂體系可以顯示2D疏水圖。

* WHAT IF

鏈接：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html

簡介：提供了十分豐富的蛋白質模擬相關工具。包括同源模建、檢查和修復蛋白結構、殘基突變、蛋白結構分析、可及表面計算、分析氫鍵、補全質子、原子間不正當接觸檢測、計算鹽橋、生成FlexDock輸入文件等等。

Dali server

鏈接：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server

簡介：輸入PDB ID或者上傳PDB，服務器會對此結構與PDB數據庫中的結構用dali算法計算，將其中有一定結構相似度的PDB列出。通過復選框選擇幾個結構，可以對比序列，以及在線觀看它們重疊后的3D結構。

在線生成結構（包括同晶體結構的硅、鍺）

金剛石（包括同晶體結構的硅、鍺），鏈接：http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html

在線生成石墨結構，鏈接：

http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html

碳納米管結構，鏈接：

http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html

webPIPSA

(Protein Interaction PropertySimilarity Analysis)

鏈接：http://pipsa.eml.org/pipsa

簡介：上傳pdb/pqr或輸入pdb ID，自動調用APBS/UHBD計算它們的靜電勢，根據一定規則繪制成距離矩陣，并做簇分析。可以分析不同蛋白質在相互作用上的相似性。可以下載到運行期間的中間文件，包括轉化后的pqr和計算得到的grid格點文件，可被vmd等軟件讀取。

ALOGPS

鏈接：http://www.vcclab.org/lab/alogps

簡介：在線上傳分子結構，計算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子結構格式十分多。

CORINA

鏈接：http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html

簡介：通過SMILE字符串得到分子的結構文件

一些有用的晶體學工具

鏈接：http://www.cryst.ehu.es

GETAREA

鏈接：http://curie.utmb.edu/getarea.html

簡介：計算分子SASA和溶解能，服務器不太穩健

在線版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Karlsberg+

鏈接：

http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php

簡介：基于線性PB方程在線計算蛋白質Pka

H++

鏈接：http://biophysics.cs.vt.edu/H++

簡介：通過隱式溶劑(GB/PB)和分子力學模型計算Pk，并根據指定PH自動將結構質子化

PDBsum

鏈接：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum

簡介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質信息、基本結構特征、結構出處的文獻摘要，可調用PROCHECK分析結構，可在線觀看3D結構。

DynDom

鏈接：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp

簡介：輸如蛋白質分子的兩個構象，可分析出構象變化所繞著的旋轉軸，以及導致結構變化的關鍵殘基。結果可以用rasmol程序顯示。

StrucTools

鏈接：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html

簡介：可以繪制蛋白質二級序列圖，計算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計算殘基所占體積并繪圖，計算殘基SASA，做Ramachandran圖，做蛋白質旋轉的gif/mpeg動畫。

VRML File Creator

鏈接：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator

簡介：通過smile字符串或者結構文件，創建VRML(.wrl)文件。比如可以導入Acrobat 3D，在pdf文檔中演示分子的立體結構。

w3DNA

鏈接：http://w3dna.rutgers.edu

簡介：輸入核酸PDB ID或上傳結構文件，分析其堿基結構參數。

WebMO

鏈接：http://www.webmo.net/demo/index.html

簡介：提供了友好的GUI界面，可以在線繪制或導入結構并調用服務器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序進行量化/分子力學計算。對于免費用戶WebMO提供了guest帳戶登入，但運算時間限制在60秒以內，在缺乏計算條件下可以應急使用。

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